Sebagai Organisasi Wajib di Satuan Pendidikan, OSIS (Organisasi Siswa Intra Sekolah) Smk Ma’arif NU Kajen otomatis menjadi bagian dari organisasi pelajar yang bernaung di bawah organisasi keagamaan Nahdlatul Ulama (NU) yaitu IPNU dan IPPNU, IPNU merupakan organisasi pelajar laki-laki NU, sedangkan IPPNU adalah organisasi pelajar perempuan NU. Kedua organisasi ini memiliki peran penting dalam pembinaan dan pengembangan generasi muda NU.